Une nouvelle méthode de calcul de l’ensemble des index de toutes les races laitières vient d’être déployée. Ce dispositif révolutionnaire est nommé « Single Step ».
Il s’agit d’une nouvelle méthode d’indexation qui permet d’évaluer tous les animaux, mâles et femelles, qu’ils soient génotypés ou non, dans une seule évaluation (au lieu de 2), avec l’ensemble de leurs informations disponibles : informations génomiques, performances, généalogies.
Cette révolution méthodologique s’appuie sur les mêmes ingrédients et les mêmes recettes qu’avant mais elle change fondamentalement les résultats à l’arrivée : elle permet de mieux visualiser et mieux exprimer le progrès génétique réel.
Quel que soit la méthodologie, un index est une estimation du potentiel génétique des animaux, c’est-à-dire ce qu’il transmet à sa descendance. Ne pas oublier que le milieu joue un rôle très important dans l’expression des index.
La sélection Génomique jusqu’à présent :
Le Single Step :
Pourquoi déployer le Single Step ?
- Prendre en compte le biais de pré-sélection
- Gagner en précision en intégrant toutes les performances disponibles dans l’évaluation génomique
- Rendre la génomique accessible à toutes les races
1. Prendre en compte le biais de pré-sélection :
Même si l’évaluation en 2 étapes a fait ses preuves, il a été constaté qu’à l’arrivée des performances des 1ères filles, les index des jeunes taureaux évalués baissaient.
Dès 2011 il avait été identifié ce décalage lié à une pré-sélection des jeunes animaux sur la base de leur index génomique seulement.
Cette sous-estimation, si elle n’est pas prise en compte peut fausser les index après plusieurs générations. Le single step apporte la solution pour tenir compte de la pré-sélection génomique et corriger ce biais.
2. Gagner en précision en intégrant toutes les performances disponibles dans l’évaluation génomique :
Jusqu’à présent, les animaux non génotypés mais avec performances n’étaient pas pris en compte dans l’évaluation génomique, mais seulement dans l’évaluation polygénique.
Le modèle Single Step garantie une meilleure cohérence entre les index calculés : tous les animaux ont des intéractions entre eux et tous contribuent à l’estimation des individus de la population concernée. Tout le monde apporte sa pierre à l’édifice !
3. Rendre la génomique accessible à toutes les races :
Le single step est une méthodologie unifiée qui, à terme, sera utilisée pour tous les bovins (laitiers ou allaitants) : il permet à de nouvelles races d’accéder à la sélection génomique et d’indexer de nouveaux caractères, y compris ceux avec peu de performances enregistrées.
Quel impact sur les index ?
La mise en oeuvre de la méthodologie Single Step modifie les classements des mâles et femelles pour toutes les races et tous les caractères. Pour les races nationales, comme la normande, environ ¼ des taureaux du Top 100 des mâles pourrait être renouvelé.
La correction du biais de pré-sélection induit une plus forte estimation du progrès génétique de certains caractères, et notamment de la production laitière. Ces fortes évolutions de variabilité des index élémentaires impactent par construction les variabilités des synthèses, et notamment de l’ISU.
Exemple de l’évolution avec le Single step :
Pour les taureaux dont l’ISU Single Step ≥ 140 (nombre = 1380 mâles)
- ISU : 136 en décembre 2021 => 151 avec le Single Step
- Lait : +412 => +794
- TB : +0,3 => +0,4
- TP : +0,3 => +0,5
- Repro : -0,1 => +0,5
- STMA : +0,8 => +1,2
- MO : +1,0 => +1,4
- MA : +0,9 => +1,1
- AP : +0,6 => +0,8
- FT : +0,3 => +0,6
- MU : +0,2 => +0,4
Les forces et les faiblesses sont renforcées.
Que retenir ?
- Le Single Step permet d’évaluer tous les animaux qu’ils soient génotypés ou non.
- Cette méthode est un tremplin pour estimer le potentiel des animaux de toutes les races que ce soit en bovin lait et demain en bovin viande.
- Méthode de référence Internationale.
- L’exploitation des typages évite la non prise en compte des effets de la pré-sélection des animaux notamment les taureaux et permet la correction du biais particulièrement important pour les races nationales et sur les caractères les plus sélectionnés (Lait par exemple).
- Correction sur le progrès génétique qui n’avait pas été bien prise en compte avec le précédent modèle.
- Plus forte correction sur les jeunes et notamment ceux issus des jeunes pères, car les pères confirmés sont plus stables étant donné le nombre de performances pris en compte face à la lecture du génome.
- Augmentation de la variabilité des index dans la grande majorité des cas.
- Pas de réel gain visible sur les CD mais un gain dans la précision.
Source : Origenplus